本实用新型公开了壳寡糖加工装置领域的一种壳寡糖分离纯化装置，包括机体、研磨齿下料管和集料盒，所述机体左侧上部固定连接有进料管，所述进料管上端固定连接有进料口，所述机体下部安装有玻璃门，所述机体上部固定连接有连接仓，所述连接仓上端安装有双轴电机，所述双轴电机上部固定连接有扇叶，本实用新型中，启动双轴电机，联动转动轴，使研磨轮对壳寡糖进行研磨分离，通过转动轴通过传动齿轮、第一传动杆、第一凸轮组和第二传动杆以及第二凸轮组，同时使离心过滤盒同步转动，且一个双轴电机可联动研磨轮和离心过滤盒同时转动，降低成本，且集料盒通过连接套管与下料管便于拆卸安装，方便实用。