本实用新型公开了一种微生物菌剂储存装置，包括瓶体和顶盖，所述瓶体上端设置有通气管；所述通气管内端与瓶体内腔连通，通气管外端设置有过滤组件和通气盖；所述过滤组件包括过滤纸、内衬管和外衬环；所述内衬管内端固定有至少两个锁紧螺杆，内衬管外端与外衬环固定连接；所述过滤纸上设置有第一锁紧孔；所述锁紧螺杆穿过第一锁紧孔并与一锁紧螺母紧密配合将过滤纸锁紧在内衬管内端；所述内衬管嵌入通气管，且外衬环抵靠在通气管外端部上；所述通气盖盖设于通气管外端；该实用新型在微生物交替进行厌氧培养和好氧培养的过程中，真空泵或氧气泵可与通气管连接，且过滤组件可拦截外部的杂菌进入瓶体内，可促进微生物菌剂的健康成长。