本申请公开了一种基于导航卫星系统的水汽观测系统，包括：卫星数据接收机，所述卫星数据接收机接收导航卫星系统的卫星数据；气象观测仪，所述气象观测仪发送气象数据；数据处理装置，连接所述卫星数据接收机及所述气象观测仪。与现有技术相比，本申请具有如下有益效果：台站基于单一台站基于历元的实时水汽处理，获取每个历元实时的水汽产品，可以极大地提高水汽观测的时间分辨率，极大提高产品服务效率和能力；单站处理代替数据中心的批量数据处理，极大提高数据处理效率，同时也大大降低GNSS原始数据从台站传输到中心站的传输成本。