本实用新型公开了一种浮游生物自动收集装置，包括密闭的箱体、设置在箱体上的控制箱、设置在箱体底部并与箱体的内部空间相连通的浮游生物收集器、设置在箱体和/或控制箱上的流速传感器；箱体的相对两侧设有水流进口以及可开合在水流进口上的起闭门；流速传感器与控制箱连接，将检测到的包括水流方向的水流信息发送至控制箱，控制箱根据接收到的水流信息控制箱体对应侧的起闭门动作，打开水流进口，浮游生物随水流通过水流进口进入并收集于浮游生物收集器内。本实用新型的的浮游生物自动收集装置，适用于感潮河段双向往复流水动力条件，能够长时间、自动收集受往复流影响移动的浮游生物，收集效率高。