本实用新型所提供的益生菌造粒制备系统，具有一单向行进的加工路径，并包括：一造粒部，位于该加工路径上，接收一物料并进行造粒，以产生一粒状产物；其中，该物料至少包含有一益生菌；一干燥部，邻近于该造粒部并位于该加工路径上，得以对该粒状产物加热烘干；一混合部，邻近于该造粒部并位于该加工路径上，用以将已干燥后的该粒状产物与一益生菌粉末进行混合，形成一益生菌颗粒；一包装部，邻近于该干燥部并位于该加工路径上，将该益生菌颗粒进行装填及封合作业。本实用新型提供的益生菌造粒制备系统，其能够有限度地维持益生菌的活性，以延长产品的存放时间，同时，还能达到适于大量生产制造的功效。