本实用新型公开了一种医疗污水处理系统，包括机座，所述机座上端面右侧位置固定安装有灭菌箱，所述灭菌箱底部位置安装有若干个用于对灭菌箱内的水进行加热的加热器，所述灭菌箱中间位置固定连接有网孔板，所述灭菌箱右侧面位于网孔板上方的位置转动连接有用于清理网孔板上杂质物的箱门，所述灭菌箱上端面右侧开设有蒸汽孔；本新型通过筛分电机驱动转盘，使得转盘带动连杆，从而可驱动过滤板进行往复抖动，可将污水中的杂质物通过抖动使杂质物落入灭菌箱内部的网孔板上，通过灭菌箱底部的加热器对内部的水进行加热，通过高温蒸汽对网孔板上的杂质物进行高温消毒，使得无需将杂质物转移分开进行处理，使用更加方便。