本实用新型涉及一种制备盐碱地土壤微生物改良剂的发酵系统，本发酵系统包含发酵装置主体、电机、搅拌轴、搅拌辊、控制单元、显示器、外接电源、冷水站、热水站、第一电磁阀、第二电磁阀、接通管、回收站、轴承、复合发酵物以及温度传感器等；通过启动电机带动搅拌辊转动，搅拌混合有中药药渣、微生物菌剂、蔗糖水的复合发酵剂；通过温度传感器采集复合发酵物内部温度，传输至控制单元，控制单元对采集的温度信息与预设温度阈值比较，来控制第一电磁阀、第二电磁阀开关，进而冷水/热水流过罐体内水管，从而控制发酵环境温度，使得发酵温度长期稳定在适宜温度区间。同时，显示器对复合发酵物内部温度进行实时显示。