本实用新型提供了一种固定床与流化床间歇运行的生化反应装置。生化反应装置包括：缺氧反应区、阀门、第一鼓风装置和第二鼓风装置以及依次连通设置的第一好氧反应区、第二好氧反应区及空气主输送管路。空气主输送管路依次设置有第一空气出口、第二空气出口和第三空气出口，并一一对应地通过第一空气输送管路、第二空气输送管路及第三空气输送管路连通；阀门用于控制第一空气输送管路的开启和闭合；第一鼓风装置和第二鼓风装置用于向空气主输送管路中鼓入空气，第一鼓风装置与阀门的开启和闭合保持一致，第二鼓风装置处于常开状态。该装置能够在固定床模式和流化床模式中进行切换，从而有效解决了生物填料膜层阻力大影响污水处理效率的问题。