本实用新型公开了一种智能发药分拣系统，包括两台智能发药机和四条智能分拣线，其中，一台智能发药机和两条智能分拣线组成一个分拣物流子系统：另外一台智能发药机和另外两条智能分拣线组成另一个分拣物流子系统；每条智能分拣线均由人工复核子系统以及药品袋分拣子系统构成；人工复核子系统包括斜坡输送皮带机、人工分拣皮带机、推料组件和进药分配组件；药品袋分拣子系统包括药品袋输送皮带机和出药分配组件，斜坡输送皮带机、人工分拣皮带机和药品袋输送皮带机依次相连组成药品袋输送。本实用新型的智能发药分拣系统，可以根据电子处方单实现所有药品的准备、核验、打包以及分拣的全流程操作，并且具备药品存储、补充功能。