本实用新型公开了一种具有水囊结构的消化道超声内镜，包括内镜体，内镜体侧面设置有水囊安装槽，水囊安装槽内固定设置有水囊，水囊内未充水时水囊位于水囊安装槽内；在内镜体的侧壁内设置有引水管，引水管一端与水囊连接，另一端延伸出内镜体后在其端部设置有连接头，连接头以可拆卸方式连接有导水管，导水管上设置有三通阀门，三通阀门另外两个接口分别连接有蠕动泵和抽吸装置，蠕动泵用于向水囊内充入定量水溶液，抽吸装置用于将水囊内的空气或者水溶液进行抽吸。本实用新型在使用的时候无需向人体内注入水而是向水囊中注水即可进行检测，患者更加舒适，能够有效的减轻患者的痛苦；同时能够缩短检测时间，提高检查效率以及检查质量。