本实用新型公开了一种用于实施胃底折叠术的内镜钉合机构，包括顶端部，顶端部内活动设置有端部定位销，端部定位销通过螺纹连接所述顶端部，端部定位销固定连接定位销驱动电机；钉仓座组件，设置于刚性段的侧部；钉仓座组件上开设有与所述端部定位销相匹配的定位销孔，定位销孔的孔深小于端部定位销伸出顶端部的长度。本实用新型通过顶端部和钉仓座组件组成钉合机构，并通过控制顶端部的运动，使部分胃底折叠于食管下段的外侧，并将部分胃底与食管下段钉合固定在一起，通过将胃底部分包扎在食管下端周围来增加胃开口部位的压力，建立新的呈锐角的His角，恢复胃食管阀瓣，从而建立阻止胃食管反流的有效屏障。本实用新型适用于治疗中重度胃食管反流病。