本实用新型提供了一种多功能冻存盒，包括盒体和盒盖，盒体设有至少两个容置腔，由上至下依次分别为第一容置腔和第二容置腔，盒体的上表面对应第一容置腔设有第一开口，盒体的侧面对应第二容置腔设有第二开口，第二开口设有可开合的挡板，第一容置腔的底部设有凹槽阵列，凹槽阵列中间隔设有格档，盒盖盖合于所述第一开口，盒盖为透明材质，盒盖设有丝印层。本实用新型的有益效果在于：提供了一种结构合理、安全可靠的多功能冻存盒，可同时放置多种规格的冻存样本。解决因冻存样本规格不同，而需占用更多储存空间问题，有效降低了储存成本。通过将透明的盒盖可方便操作人员查看冻存盒内部冻存样本的情况，提高了工作效率。