本实用新型公开了一种眼雾化熏蒸仪控制系统，包括手持模块和两个头戴模块，手持模块分别连接两个头戴模块，两个头戴模块分别控制左右眼的雾化熏蒸。手持模块包括为整个控制系统供电的充电管理单元，手持控制器单元检测按键单元的状态，发出相应的控制信号，头戴模块根据接收到的控制信号控制熏蒸单元、雾化单元、按摩单元等单元的共同或独立运行，在熏蒸单元运行中，头戴控制器单元通过温度检测单元分别检测到的熏蒸单元加热的药仓温度和与人眼接触处的空间温度，控制空间温度符合手持模块设定的熏蒸温度。本实用新型大大减少了控制电路的占用空间和体积，能够精准的控制熏蒸温度，功能多样。