本实用新型提供一种羊肚菌菌种培育室。所述羊肚菌菌种培育室包括：箱型培菌罐；两个培育箱，两个培育箱均设置在箱型培菌罐内；加热箱，所述加热箱设置在箱型培菌罐的底部内壁上；除水箱，所述除水箱设置在箱型培菌罐的底部内壁上；消毒箱，所述消毒箱固定安装在箱型培菌罐的底部内壁上；净化过滤选箱，所述净化过滤选箱固定安装在箱型培菌罐的底部内壁上；导流管一，所述导流管一固定安装在净化过滤选箱的一侧内壁上。本实用新型提供的羊肚菌菌种培育室具有操作方便，能够简单快捷对空气中的灰尘和杂质进行过滤，同时便于在过滤之后，将脏水去除，成本低廉，操作起来简单便捷的优点。