本实用新型公开了一种草莓根腐病菌株筛选专用辅助装置，具体涉及草莓根腐病领域，包括底座，所述底座的顶部设置有支撑板，所述支撑板的数量为两个，两个所述支撑板的顶端之间设置有处理腔，所述处理腔与支撑板固定连接，所述处理腔的内壁设置有升降块。本实用新型通过设置有第一振动筛与第一处理杆，与现有技术相比，通过电动推杆的运动可以让第一振动筛以及第二振动筛同时发生移动，提高工作的效率，之后通过电机可以让第一振动筛与第二振动筛相接触，可以第二处理杆与孔洞合并，第一处理杆与凹洞合并，可以对孔洞以及凹洞同时清理，提高工作的效率，无论在筛选还是清理的过程中，均可以提高工作的效率，便于使用。