本实用新型涉及微灌过滤清洗装置技术领域，且公开了一种水利微灌用过滤器内存水自动抽取装置，包括自吸泵、过滤装置、进水口、出水口、电磁排污阀和排污管道，所述进水口和出水口上分别设置有第一电磁阀和第二电磁阀，所述过滤装置包括细过滤网、第二吸污嘴、过滤筒和第一吸污嘴，所述细过滤网的顶部固定有密封挡板。该水利微灌用过滤器内存水自动抽取装置，通过进水口与过滤筒入口端之间设置有粗过滤网，能够进行初级过滤，通过过滤桶内部设置有细过滤网，能够进行二次过滤，存留在过滤器内的存水可由第二吸污嘴连通的自吸泵排出腔外，能够有效的避免过滤器内因存水时间久了细小杂质会发生集结沉淀凝絮的情况。