本实用新型公开了一种基于生物过滤筒的生态海水养殖系统及生物过滤筒，属于海水养殖领域，用于海水养殖，其至少包括养殖池，所述养殖池分别通过管路及管件与厌氧过滤筒、好氧过滤筒、微藻过滤筒连接，所述厌氧过滤筒、好氧过滤筒、微藻过滤筒均包括壳体，壳体的顶部连接有筒盖，壳体的底部连接有底座，在壳体的下方为与养殖池的管路及管件连接的进水口，在筒盖上连接有与壳体内腔贯通的出水口、通气管，出水口通过管路及管件经磁力泵与养殖池连接。鉴于上述技术方案，本实用新型能够实现单个处理组件出现问题时，其余的处理组件依旧能够正常运转，避免整个海水养殖系统出现故障停转。