一种永磁电机驱动的深孔钻床，床身上部对称安装两个齿轮箱，钻杆永磁电机的钻杆永磁电机轴贯穿齿轮箱的侧板连接Ⅰ轴一端，Ⅰ轴另一端连接钻杆；丝杠永磁电机的丝杠永磁电机轴贯穿齿轮箱并连接齿轮箱的Ⅳ轴，Ⅳ轴上安装第一离合器和第二离合器，第二齿轮与第五齿轮啮合，齿轮箱上位于Ⅱ轴和Ⅳ轴之间安装空心的Ⅲ轴，Ⅲ轴一端连接丝母，Ⅲ轴上安装第四齿轮和第三齿轮，第一齿轮和第三齿轮啮合，第四齿轮和第六齿轮啮合。本实用新型主机传动采用变频控制，永磁电机直接驱动钻杆运转，节约了空间，降低了制造成本；永磁电机变频控制，可调整钻杆的线速度；工件两端同时钻孔，解决了调头钻孔的中间错位问题，大幅度提高钻孔精度。