本实用新型涉及低聚木糖制作技术领域，且公开了一种低聚木糖分离底物抽取装置，包括底板，底板的上端固定连接有抽取罐，抽取罐的上端后侧固定连接有蓄水箱，且蓄水箱的内部固定设有水泵，水泵的输出端固定连接有输水管，且输水管远离水泵的一端贯穿蓄水箱的上端并延伸至外，抽取罐的上端固定连接有U形管，且输水管位于外部的一端与U形管的水平部后管壁固定连接，U形管的下端左右两侧共同固定连接有环形管。本实用新型可以对抽取后的罐体进行彻底清洗，提高清洗的便捷性及效率，且可以在清洗前对底物中的酶进行分离回收再利用，同时清洗机构的使用寿命较长。