本实用新型公开了一种基于微生物协同处理的水体污染生态治理系统，包括外壳和内置结构，在外壳的内壁和隔板的一侧设置有安装块，弹性件设置在安装块的一侧，弹性件的另一端与活性炭吸附层相连接，能够对活性炭吸附层进行固定，利用活性炭吸附层能够对水中的杂质进行吸附，同时设置有粗过滤网和细过滤网，方便对水体进行过滤，经过滤室过滤后的水体从通孔流入到搅拌室，鼓风机与搅拌室通过风管相连接，操作人员能够利用控制面板能够使鼓风机向搅拌室内部进行鼓风，电机的输出端与转轴相连接，能够使电机带动转轴进行转动，从而使搅拌叶片对水体进行搅拌，使得鼓入搅拌室的氧气能够充分与水相接触，提高水体中的含氧量，便于水生生物的生长。