本实用新型公开了一种自动打孔机构，包括有用于连接在机架上的进给导轨、打孔组件及用于驱动打孔组件的进给动力，进给导轨沿竖直方向延伸，打孔组件设有分布在进给导轨的长度方向的两端并相对设置的两个，两个打孔组件均可滑动地连接在进给导轨上并均与进给动力传动连接、以沿进给导轨产生相对远离或相对靠近的位移；两个打孔组件均包括与进给导轨可滑动连接的连接座、可转动地连接在连接座上的打孔刀具及打孔动力，打孔刀具与打孔动力传动连接，且打孔刀具的转动中心轴线沿竖直方向延伸。本实用新型提供的自动打孔机构，旨在解决现有技术中无法对厚板件进行高同轴度要求的细长通孔的打孔问题。