本实用新型公开了一种农业用种子水选装置，涉及农业技术领域，主要为了解决现有水选装置干瘪种子与饱满种子分离不便的问题；包括箱体和水选单元，水选单元包括用于盛装待选种子的半圆柱网筒、步进电机、网板和搅动组件，搅动组件包括转轴、搅动杆、带动转轴转动的驱动机构，设有水选单元，搅动待选种子，有助于种子中的干瘪颗粒或其他杂物暴露出来，进行曝气，有助于充分水选，通过步进电机带动半圆柱网筒逐渐转动至180度，半圆柱网筒转动过程中，饱满的种子落到网板上，然后打开排水管，之后排出饱满的种子，然后步进电机带动半圆柱网筒回到初始位置，干瘪种子或其他杂物落到网板上，可以通过出料口取出，操作简单，方便实用，水选效率高。