本实用新型涉及细菌培养箱技术领域，且公开了一种多层细菌培养箱，包括培养箱外壳，所述培养箱外壳正面的左端固定安装有控制台，所述培养箱外壳正面的左端固定安装有位于控制台底部的电源开关，所述培养箱外壳正面的右端固定连接有两个固定板，两个所述固定板的内部均和连接杆的外部固定连接，所述连接杆的外部活动连接有翻门。该多层细菌培养箱，通过将需要培养的细菌放置在第一放置盒或者翻门背面的第二放置盒内部，可以使不同品种的细菌一起进行培养，最大程度利用培养箱外壳内部的空间面积，需要观察细菌的培养情况时，翻动锁套并打开翻门，用力拉出第一放置盒即可对细菌进行观察。