本实用新型提供一种原料药物中间体合成废水处理系统，包括固定设置在底座上的箱体、过滤舱体、蓄水箱，所述箱体上端贯穿设置进料管，所述进料管上端设置漏斗，所述箱体上端在漏斗一侧设置传动电机，所述传动电机上设置传动轴，所述传动轴另一端设置第一锥齿轮，所述箱体上贯穿设置连动轴，所述连动轴置于箱体上的一端设置第二锥齿轮，所述连动轴上设置搅拌架，所述搅拌架上设置吸附装置，所述箱体内底部设置加热装置，所述箱体底端设置加热控制器和加热开关。本实用新型从而达到在废水在箱体内具有充分的搅拌后的吸附性，以及通过加热后的废水更有益的吸附，大大提高了废水能够达到废水排放标准。