本实用新型公开了一种制备微生物肥料的微生物培养箱，包括箱体、隔板和培养盒，所述箱体内固定安装有凸条，所述隔板与凸条滑动配合，所述隔板上固定安装有培养盒，所述隔板上设置有通孔，所述通孔下侧连接有导流管，所述箱体内底部设置有储液槽，所述箱体的底部固定安装有水泵，所述水泵与储液槽通过水泵相连，所述水泵的输出端连接有第二连接管，所述第二连接管远离水泵的一端连接在箱体的顶部，所述箱体的侧面设置有进风口，通过水泵对培养盒内的液体进行循环流动，可使菌落分布更加均匀，转动除尘装置配合气泵可保证箱体内通风良好且不会产生进风堵塞。