本实用新型公开了一种菌根合成专用育苗器，包括主体，插板，盖板以及底板；主体为中空的多棱柱形或倒棱台形，且为两个竖向分割的第一半主体以及第二半主体密封拼合而成；第一半主体以及第二半主体中的其中一侧面设为透明状，且设有自上向下的插槽，其余为非透明状，插板为非透明状且插设于插槽内；盖板包括第一盖板以及第二盖板，第一盖板与第一半主体内侧壁顶端可拆卸连接，第二盖板与第二半主体内侧壁顶端可拆卸连接，且第一盖板以及第二盖板盖合后预留种植生长孔。底板与第一半主体以及第二半主体下端可拆卸密封连接。本实用新型结构简单，使用方便，有利于菌根的生长，便于观察。