本实用新型公开了一种复合微生物肥料生产加工用滚筒加菌机，包括底座、外壳、进料口、搅拌结构、辅助轮、清洁结构，所述底座的上端固定安装有外壳，所述外壳的上端开设有进料口，所述外壳的内部设置有搅拌结构，所述搅拌结构固定安装有辅助轮，所述搅拌结构的底端设置有清洁结构，所述搅拌结构包括有电机、搅拌杆、转动齿、转筒、安装块、连接齿。本实用新型，通过电机的动力输出端带动转动齿和连接齿转动，使得转动齿带动搅拌杆转动，从而对肥料进行搅拌工作，同时连接齿带动转筒转动，从而使得转筒内部的肥料进行转动，继而搅拌杆与转筒的转动方向不同，从而提高了搅拌效率，使得肥料得到充分的搅拌。