本实用新型公开了一种水产养殖微生物净化装置。包括净水池，池内自下而上具有一级隔板、二级隔板、三级隔板，所述一级隔板下方具有增氧装置，一级隔板和二级隔板间填充有多孔小颗粒滤料，二级隔板和三级隔板间填充有球形滤料，三级隔板上方设有培菌滤毡及立体弹性填料；净水池底部设计设有进水口，池底为10‑20°坡度，设有排污口；净水池顶部设有排水口。本实用新型通过在净水池内预先培养微生物，长时间发挥净水效果，提高养殖水净化效率，降低水质净化成本，提高养殖成活率。