本实用新型提供一种含硅废水处理系统，该含硅废水处理系统包括：电絮凝反应池，所述电絮凝反应池使得含硅废水中的硅粉微粒以及溶解性硅凝集成团；絮凝剂生成装置，所述絮凝剂生成装置设置于所述电絮凝反应池内，所述絮凝剂生成装置包括金属阳极以原位生成絮凝剂，所述金属阳极为铝、铁、镁或其合金。根据本实用新型实施例的含硅废水处理系统，能有效去除含硅废水中的固态硅粉颗粒、硅胶体及溶解性硅，该系统处理含硅废水，通过原位生成絮凝剂去除含硅杂质，无需添加石灰，且产生的沉淀物中无硅酸钙沉淀，沉淀物有较高的经济效益。