本实用新型涉及一种大豆有机杂质灭菌系统，粉碎机的出口与斗式提升机的入口相连，斗式提升机的出口与缓存仓的入口相连，缓存仓的底部设有灭菌喂料绞龙，灭菌喂料绞龙的出口与卧式灭菌器的进料口相连；卧式灭菌器的出料端下部设有灭菌热风进口且通过灭菌热风供给管与空气加热器的出口相连；卧式灭菌器的进料端上部设有灭菌热风出口，灭菌热风出口与灭菌器沙克龙的入口相连，灭菌器沙克龙的排风口与灭菌器排风机的入口相连，灭菌器排风机的出口连接有灭菌排风阀及灭菌回风阀，灭菌排风阀的出口与大气相通，灭菌回风阀的出口与灭菌热风供给管的三通口相连。本系统可对大豆有机杂质进行灭菌处理，使其达到检验检疫行业标准并且产生市场价值。