本实用新型提供了一种生态水质评价用菌落观测装置，包括底座，底座的顶端中部固定安装有观察皿主体，观察皿主体的一侧顶部穿插连接有连接管，连接管的顶端固定安装有漏斗，观察皿主体的另一侧顶部穿插连接有进液管，观察皿主体的皿体内部的底部开设有冷却腔，底座的顶端一侧等距固定安装有两个电动伸缩杆；本实用新型可以直接通过显微镜对生态水质中的菌落直接观察，通过在底座安装的电动伸缩杆，使用者可以调整显微镜的高度，有利于观察水质中垂直菌落分布，通过在电机安装槽的内部固定安装的减速电机，可以带动显微镜在水平方向的移动，有利于使用者在不同的位置观察生态水质的菌落，大大提高了使用者的观测速率。