本实用新型公开了一种集装箱水产养殖循环用水的处理系统，包括:集装箱本体，集装箱本体依次设置有相互独立隔离的过滤区、生化处理区和后处理区；过滤区的内部设置有过滤装置；生化处理区中填充有用于对水进行处理的生物悬浮填料，后处理区的内部设置有紫外线杀菌装置和/或增氧装置。通过在集装箱本体内部依次设置有相互独立隔离的过滤区、生化处理区和后处理区，因此待处理的污水依次流动经过过滤区、生化处理区和后处理区时可以对污水进行过滤、除磷氮及消毒杀菌等处理，达到净化污水的效果，既降低用户净化污水的成本，同时也可以随意运输移动集装箱本体，进而使得本实用新型的集装箱水产养殖循环用水的处理系统可以随意移动，适用范围广。