本实用新型公开了一种防止交叉污染的核酸扩增微流控芯片，包括设置在芯片内的主通道、样品池、隔绝单元和缓冲反应单元，所述样品池通过主通道与每个缓冲反应单元相连，所述隔绝单元可以在扩增反应前将各个独立的缓冲反应单元进行物理隔绝，本实用新型通过设置油相隔绝单元，在离心后，油相进入缓冲池内将液相样品隔绝在对应的反应池内，利用油相和液相样品互不相溶的特性将液相样品隔绝在不同的反应池内；同时设置有气阀，通过气阀将各缓冲反应单元的连接位置的通道关闭，配合油相隔绝单元形成两级物理隔绝的作用，本实用新型通过对每个缓冲反应单元进行两级物理隔绝，达到防止交叉污染，保证检测结果准确的目的。