本实用新型公开了一种可对浮游菌进行过滤的通风系统用高效过滤器，包括箱体、转轴和活性炭滤网，所述箱体的内壁上安装有固定板，且固定板的内侧设置有安装板，并且安装板的顶部螺栓连接有拉手，所述固定板的内部设置有第一滤网和第二滤网，且第二滤网的后侧设置有灭菌箱，所述活性炭滤网设置于灭菌箱的后侧，且活性炭滤网和箱体螺栓连接。该可对浮游菌进行过滤的通风系统用高效过滤器，箱体的内部设置有安装板，且安装板与固定板之间为拆卸连接，这样在第一滤网和第二滤网需要更换时，可以将安装板从箱体内部拆卸出，然后对第一滤网和第二滤网进行拆卸，不需要对整个箱体进行拆卸，为工作人员带来便捷。