本实用新型涉及生物发酵技术领域，具体涉及基于红外测温的生物发酵反应器。基于红外测温的生物发酵反应器，包括反应罐、红外测温仪、加料管、出料管、搅拌电机、搅拌叶和控制器，搅拌电机固定安装在反应罐侧壁，搅拌电机端部的搅拌杆倾斜向下伸入反应罐内，搅拌叶固定安装在搅拌杆上，所述搅拌叶正下方的反应罐内设有附着结构，反应罐内壁固定安装有加热器和超声波装置，反应罐上设有泄压管和压力表，反应罐顶部设有反应灯，反应罐侧壁固定设有透光密封板，红外测温仪设置在反应罐内壁上。本实用新型通过将搅拌电机倾斜设置，使得搅拌叶为倾斜搅拌，能够同时对水平方向和竖直方向进行搅拌，减少了搅拌电机的数量，节约了成本。