本实用新型公开了一种燃料电池离心式空压机的冷却结构，用于燃料电池离心式空压机，包括第一冷却通道，机壳的左侧开设有进气口和与进气口连通的第一孔道，机壳的右侧开设有出气口，第一冷却通道为，用于冷却的介质从进气口进入，从第一孔道进入机壳以及前端盖、一级蜗壳和轴向轴承座组成的间隙内，之后进入前端盖上的第一通气槽，第一通气槽上开设有第一通孔，介质从第一通孔进入电机的内部，流经电机的左侧绕组端部后，进入电机的内部气隙进行冷却，最后到达出气口排出。本实用新型提供的燃料电池离心式空压机冷却结构，能够实现最大化冷却空气路径，实现对电机的转子、定子、蜗壳室的冷却，增加压缩机使用寿命，提高燃料电池系统效率。