本实用新型涉及苗木种子技术领域，具体揭示了一种苗木种子消毒除菌装置，包括底板，所述底板的顶部安装有处理箱，所述处理箱的顶部密封连接有盖板，所述底板的底部固定连接有两组支撑脚，每组支撑脚有至少两个，且分别与底板底部四周边角处固定相连，两个所述支撑脚之间固定连接有隔板，所述隔板的顶部安装有电机；本实用新型通过设置的过滤孔能够配合设置的处理筒，可以在种子进行浸种的时候对种子的外表面进行消毒处理，而通过配合设置的电机以及搅拌杆，能够在使用的时候对种子进行搅拌处理，使得消毒溶液可以更好的与种子的外表面进行接触，从而实现了对种子的消毒处理过程。