本实用新型公开了一种水利阀门密封结构，包括阀柄末端侧壁设置有高压气泵，且高压气泵内侧壁连接有阀杆，所述阀杆内侧壁固定有气压管，其气压管底部左侧壁固定有第一气压支管，且第一气压支管右侧壁连接有第二气压支管，所述阀杆侧壁连接有阀门支架，且阀杆末端外侧壁设置有升降孔，所述升降孔外侧壁设置有气囊，其气囊底部设置有限流口支架，所述限流口支架侧壁设置有限流口固定孔，且限流口支架内部设置有限流口，所述限流口支架左侧连接有进水口，且限流口支架右侧连接有出水口。该水利阀门密封结构采用高压密封技术，解决了阀门使用年限的增加使得密封性降低的问题，同时采用“S”形回流结构大大降低了流体压力，使得密封效果提升。