本实用新型公开了一种医院中心负压废气处理系统，包括使用终端，使用终端上连接有废气抽吸管路，在废气抽吸管路上依次设有负压空气罐和负压泵，在负压泵的排气口上连接有排气管路，所述排气管路的末端连接有杀菌空气过滤器，杀菌空气过滤器设有壳体，壳体的顶部设有进气口，下端设有排气口，所述壳体的内腔分为上下设置的上杀菌室和下过滤室，在上杀菌室中的壳体内壁上均匀设有若干紫外线灯，每个紫外线灯均沿其竖向方向分布；在下过滤室中设有若干层过滤滤芯。本装置通过在废气处理系统排气管路的末端增加杀菌空气过滤器，废气通过过滤器中的紫外线灯将排气残留的病毒细菌进行第一次消毒，再通过过滤滤芯进行第二次消毒。