本实用新型涉及生物样品检测技术，具体涉及一种微孔板离心脱水装置，包括底座、设置在底座内部的电机及与电机输出轴相连接的离心支架，所述离心支架包括离心托盘设置在所述离心托盘上的若干定位架，所述定位架延所述离心托盘圆周分层布置为第一脱水层及第二脱水层，所述第一脱水层设置在第二脱水层外侧，设置在第一脱水层的定位架与设置在第二脱水层的定位架交叉排列，第一脱水层的定位架与相邻的第二脱水层的定位架之间设置有导流板。在有限空间内设置二级嵌套式的定位架，并在定位架之间设置导流板，在保证离心效果的同时能够设置多个固定架，增加了一次性脱水微孔板的数量，而且结构简单，方便制造。