本实用新型公开了一种自动加药的医疗机构废水处理装置，包括主药箱、阀门、副药箱和出水阀，所述主药箱的下方连接有主水管，所述阀门的顶端连接有连接杆，所述齿轮设置在把手的下方，所述副药箱设置在主药箱的下方，且副药箱的顶端通过副水管与阀门的下方连接，所述副药箱的底部开设有出水口，所述传动杆的底端设置有调整块，且调整块的中部设置有固定销，所述调整块的外侧连接从动杆，所述副药箱的底端连接有出水管，且出水管的外侧设置有出水阀。该自动加药的医疗机构废水处理装置，方便操作，便于对盛放药物的箱体进行管理，避免药物泄漏，且便于定量添加药物，净化水的同时，便于减小浪费。