本实用新型涉及一种果树苗木消毒装置，包括消毒药池、电葫芦和存放架，所述消毒药池上方横跨有两个平行的门框形支架，两支架的上框边之间固定有横梁，所述电葫芦固定于横梁上且能沿横梁移动，电葫芦下方的挂钩上有绳索；所述存放架包括支撑平台和固定于支撑平台边缘或边角位置的至少三根立柱，所述支撑平台为栅栏式横向平台，支撑平台位于立柱的中部或中部偏下位置，所述绳索固定于立柱上。本实用新型果树苗木消毒装置，可以将苗木与存放架一并浸泡到池中，自行沥干水分后，然后再通过叉车将苗木与存放架一起运送进入储藏室中，因此泡药后苗木不再与操作工直接接触，防止了皮肤过敏的发生。