本实用新型公开了一种船舶废水处理系统，用于处理船舶脱硫系统产生的脱硫废水，其包括进料单元、过滤单元和分离单元。进料单元包括用于接收脱硫废水的废水管路。过滤单元与进料单元连通，以接收脱硫废水，过滤单元包括陶瓷膜过滤器，其用于将脱硫废水分离为滤液和浓缩液，过滤单元还包括与陶瓷膜过滤器连通的滤液排出管路，以将滤液排出；分离单元与过滤单元连通，以接收浓缩液，分离单元包括絮凝装置和分离装置，絮凝装置用于对浓缩液进行絮凝，形成含有固体物的絮凝液，分离装置用于分离絮凝液，形成污泥和分离液。根据本实用新型的船舶废水处理系统，易于维护，效果稳定，能够满足排放标准；对脱硫废水先过滤再絮凝，能够保护陶瓷膜过滤器。