本实用新型公开了一种医院通风系统消毒杀菌装置，包括防雨罩，所述防雨罩的下端活动安装有固定支撑架，所述固定支撑架的上端活动安装有安装底板，所述安装底板的一端固定安装有进气口，所述安装底板的另一端活动安装有出气口，所述出气口的一端活动安装有接口法兰，所述安装底板靠近出气口的一端固定安装有消毒仓连接头，所述防雨罩和进气口之间活动安装有入口挡板，所述防雨罩和出气口之间活动安装有出口挡板，所述安装底板的上端活动安装有电磁加热板，所述电磁加热板上端活动安装有进口温度探头和出口温度探头，所述电磁加热板的下端活动安装有消毒仓。该医院通风系统消毒杀菌装置，更好的进行使用，提高产品的适用范围，满足使用者的需要。