本实用新型公开了一种浸没式HEBR生物反应器及污水处理系统。浸没式HEBR生物反应器包括好氧池、曝气机构以及三相分离反应机构，曝气机构设置于好氧池的底部，好氧池的底部具有进液口，三相分离反应机构包括分区支撑件、阻隔板、导流板以及挡流板，分区支撑件设置在好氧池的内部，阻隔板位于分区支撑件的上方且其轴向上的两端连接于好氧池相对的第一内壁和第二内壁，阻隔板的两侧朝向分区支撑件方向弯曲，分区支撑件轴向的两侧分别连接有导流板，阻隔板的两侧分别连接有挡流板，挡流板朝向底部生化区方向延伸至突出于分区支撑件，挡流板与阻隔板之间形成连通底部生化区与过渡生化区的导流通道。该生物反应器处理效率高。