本申请提供了一种残饵粪便处理装置及鱼菜共生系统，属于鱼菜共生技术领域。残饵粪便处理装置包括残饵粪便收集池、好氧沉淀池、缓流沉淀发酵池、真菌净化池、肥水池、第一导流管、第二导流管、第三导流管、第四导流管和供氧装置。第一导流管连接于残饵粪便收集池与好氧沉淀池之间。第二导流管连接于好氧沉淀池与缓流沉淀发酵池之间。第三导流管连接于缓流沉淀发酵池与真菌净化池之间。第四导流管连接于真菌净化池与肥水池之间。供氧装置用于为好氧沉淀池、真菌净化池和肥水池供氧。这种结构的残饵粪便处理装置，整体结构简单，人工耗费小，成本低，经济性好，可满足工厂化养殖淡水鱼的高密度、高产出要求。