本实用新型公开了膜隔离防护系统，包括用于隔离的膜隔离防护机构和用于固定的主体结构屋面主桁架以及用于支撑的混凝土楼板结构层、混凝土墙，所述混凝土楼板结构层、所述混凝土墙上端设置有所述主体结构屋面主桁架，所述主体结构屋面主桁架之间设置有主体结构屋面次桁架。本实用新型首次采用膜隔防护系统在主体结构屋面主桁架下弦，室内膜结构将屋盖主结构进行隔离保护，使上部主结构免受室内腐蚀气体的影响，以及使上部主结构有防火隔离的保护，采用膜结构隔离，可以做到100％使室内臭气不会从屋面系统外溢，在主结构下弦做封闭膜结构隔离，可以有效减少室内臭气收集空间，有利于焚烧系统收集垃圾坑内沼气进行燃烧，可带来节能的收益。