本实用新型公开了一种高平整度药用包装复合膜，涉及药用包装复合膜技术领域，为解决现有的药用包装复合膜受温度影响容易出现卷曲现象，影响使用，且在运输过程中容易被其它物体刮破或物料相互挤压产生压痕，导致直接报废，造成不可挽回的损失的问题。所述复合膜主体的内部安装有卷筒，所述卷筒外部的上端安装有第一保护壳，所述第一保护壳的下端安装有第二保护壳，所述第二保护壳与第一保护壳通过卡槽连接，所述复合膜主体包括防水密封层、铝箔层、抑菌层和聚酯薄膜保护层，所述聚酯薄膜保护层的下端依次邻接有防火层、防水密封层、铝箔层和抑菌层，所述聚酯薄膜保护层、防火层、防水密封层、铝箔层和抑菌层相邻之间均胶接连接。