本实用新型公开一种高通量快速核酸磁珠纯化装置，由磁力架，磁棒套和深孔板三部分组成。其中，磁力架具有磁力架面板和磁力棒，磁力棒垂直固定于磁力架面板的第二端面，磁力棒的数量为多个；磁棒套具有磁棒套面板和磁棒套管；磁棒套管具有开口端和封闭端；磁棒套管垂直穿设固定于磁棒套面板，且开口端位于第三端面的一侧而封闭端位于第四端面的一侧；磁棒套管的数量与所述磁力棒的数量相同，且位置一一对应；深孔板具有用于容纳样本的反应孔；反应孔供所述磁棒套管插入；反应孔的数量与磁棒套管的数量相同，且位置一一对应。本实用新型可以同时对深孔板上全部反应孔中的样本进行手工法同步纯化操作，具有纯化效率高、通量高、仪器成本低的优点。