本申请公开了一种燃料电池的气密性检测系统，该系统包括第一开关电磁阀、调压阀、第一开关模块、第一旁通模块、第二旁通模块、质量流量模块和气体压力测量模块，其中，所述第一开关模块的第一开关支路、第二开关支路和第三开关支路中的开关电磁阀的开关状态配合第一旁通模块的第一旁通支路、第二旁通支路、第三旁通支路、第二旁通模块的第四旁通支路、第五旁通支路、第六旁通支路中的开关电磁阀、第一开关电磁阀的开关状态以及所述调压阀的开度状态构成多种气密性检测模式，以实现快速且准确地对燃料电池的电堆的各个腔室进行气密性检测的目的。